В фондах музея хранится более 40 тысяч памятников истории образования и культуры народов, населяющих территорию Украины с древности до наших дней, среди которых памятники XV-XVII вв.: «Учебник философии, географии, истории» (1488), «Литовский статут» (1570), «Толковый словарь» (1598), «Апостол» (1654), «Хроника Сарматии Европейской» (XVII в.), «Евангелион» (1670), «Октоих осьмиглавый, рукописный» (XV- XVI в.), «Иллюстрированный географический атлас», в котором собрано 100 карт (1699-1777), «Евангелие Учительное» (1670), «Правила пиитические» (1705), «Новый синопсис» (1798) и многие другие памятники образования, в свое время использовавшиеся при обучении как в братских школах, коллегиумах Украины, так и в Киево-Могилянской академии. Музей также содержит коллекции учебников, документов, фотографий, периодические педагогические издания, педагогические пособия XIX-XX вв., материалы о репрессированных учителях, комплекты материалов учителей и ученых-педагогов Украины.